Con la morte, avvenuta nel 1717, del principe Giovanni Cristiano d'Eggenberg, con cui il casato si estinse, finì l'indipendenza della Contea di Gradisca, che tornò automaticamente sotto il dominio diretto della Casa d'Absburgo e, nel 1754, con il regno di Maria Teresa, fu annessa alla Contea goriziana. Solo nel nome che fu coniato per il nuovo stato, «Unite Principate Contee di Gorizia e Gradisca», rimase la memoria dell’autonomia della città; in realtà essa dovette accettare da allora in avanti la completa subordinazione a Gorizia.
Non solo per i mutamenti politici e amministrativi ma anche per la distanza rispetto ai conflitti che intorno alla metà del ‘700 coinvolsero l'Impero, la fortezza di Gradisca perdette anche la sua importanza strategica e finì a poco a poco col ridursi a un insediamento militare minore. In quest’epoca non si attuò alcun amodernamento delle strutture, mentre fu necessario provvedere frequentemente a riparazioni nelle parti -cannoniere, ponti levatoi - che erano deteriorate dal tempo e dall'usura. Maggiore attenzione fu data invece al problema dei danni causati alle fortificazioni dalle piene dell'lsonzo che intorno alla metà del secolo XVIII si verificavano quasi ogni autunno inondando una vasta zona della campagna gradiscana.
Complessivamente, il secolo XVIII fu un periodo senza eventi di rilievo per la fortezza di Gradisca, specialmente dal punto di vista militare-strategico.
Il Castello era sede di una guarnigione modesta, poche centinaia di soldati (anche nella Caserma della Porta di Gorizia era alloggiato però un corpo di guardia) mentre gli ufficiali erano ospitati in case private del centro cittadino. Il Castello fungeva anche da prigione, uso a cui sarebbe stato adibito completamente nel secolo successivo.
L'esistenza delle prigioni e la presenza di condannati soprattutto forestieri, aveva fatto prolificare storie più o meno vere sui prigionieri, con le quali la fantasia popolare sopperiva al bisogno di leggende che sempre caratterizza la vita attorno a un castello, ma a Gradisca non poteva trovare alimento nelle consuete, favolose vicende medioevali. La storia più nota (e per nulla inventata anche negli aspetti più raccapriccianti) è quella del Conte friulano Lucio della Torre, giustiziato nel castello di Gradisca nel 1723, dopo avervi scontato oltre un anno di prigione per essere stato il mandante dell'assassinio della moglie Eleonora di Madrisio. Con lui furono decapitati anche i suoi complici, il cugino Nicolò di Strassoldo, esecutore materiale del delitto, e la madre di questi, Marianna, che lo aveva istigato a compierlo per rendere libero il della Torre di sposare la propria figlia Ludovica. La vicenda fu causa di molta impressione, non solo tra gli abitanti di Gradisca (a cui furono mostrati, appesi, i tre cadaveri a mo' di terribile esempio) ma anche in tutto il Friuli, dove il conte Lucio, che aveva solo 27 anni quando morì, era ben noto per le tante ribalderie, tanto che era stato bandito dallo stato Veneto e il suo palazzo di Udine era stato bruciato.
Nella seconda metà del secolo XVIII lo spirito di riforma e di riorganizzazione dello Stato che caratterizzava il regno di Maria Teresa fece migliorare notevolmente anche il sistema difensivo territoriale.
Verso il 1780 si decise di potenziare la guarnigione gradiscana, ma le strutture esistenti erano insufficienti ad ospitare le quattro compagnie che vi si dovevano acquartierare. Si valutò per la prima volta l'opportunità di sopraelevare il cinquecentesco palazzo del Capitano, aggiungendo due piani ai due già esistenti.
L'edificio mantenne la pianta rettangolare e le originarie quattro torri d'angolo, ma fu modificato nelle proporzioni, assumendo una nuova imponenza ed una severità che vennero a mutare radicalmente il suo rapporto con lo spazio circostante. Anche il profilo del complesso castellano cambiò col crearsi di un'emergenza nuova che conferiva maggior volume e altezza al nucleo fortificato.L’ampliamento rese possibile ospitare oltre cinquecento uomini.
Di lì a pochi anni la fortezza appena potenziata ebbe l'occasione di essere ancora protagonista di un fatto d'arme, I'ultimo della sua storia: I'assedio, avvenuto il 19 marzo 1797, dell'armata napoleonica guidata dal Bernadotte.
Quando i francesi arrivarono fu tentata la resistenza, poiché i gradiscani avevano rifiutato l'invito alla resa immediata fatto pervenire dal Bernedotte. La battaglia fu aspra e i bombardamenti accaniti da entrambe le parti; per ben due volte gli austriaci riuscirono a respingere l'assalto alle mura facendo cadere sul campo quasi 1.500 francesi.
Gradisca fu costretta a capitolare solo quando essi raggiunsero sul Carso il Forte Stella e poterono bombardarla dall'alto, ciò che conferma quanto è stato detto a proposito della guerra gradiscana riguardo al pericolo rappresentato per Gradisca dalle alture carsiche. Il giorno dopo lo stesso Napoleone raggiunse la fortezza e vi insediò il quartier generale nel bel palazzo de Fin (dove l'evento è ancora ricordato da una lapide), istituendo la Municipalità. L'occupazione francese durò due mesi, durante i quali la popolazione fu costretta a subire la presenza e la prepotenza di un numeroso contingente armato che, andandosene, lasciò dietro di sé una grave epidemia, causa di molte morti tra i civili, e notevoli danni agli edifici. Quando, alla fine di maggio, i francesi sgomberarono, la popolazione ne fu molto sollevata. Tornando in possesso della fortezza gli austriaci dovettero subito impegnarsi in consistenti opere di restauro che si protrassero per tutto il 1797.
Nel 1805 la guerra si riaccese per iniziativa austriaca e, pur svolgendosi su altri fronti, produsse notevoli conseguenze per Gradisca. Con il trattato di Presburgo, che interruppe quasi subito le ostilità, essa venne assegnata al Regno Italico, i cui confini arrivavano alla linea dell'Isonzo. In seguito a ciò, la fortezza venne a far parte del distretto di Passariano, in cui erano comprese anche altre città fortificate Palmanova e Marano.
Ma nonostante Gradisca si trovasse, dal punto di vista strategico, nella posizione senza dubbio più favorevole rispetto al confine del Regno, non fu tenuta in particolare considerazione dal nuovo governo. Un decreto del 1808 del vicerè d'ltalia Eugenio di Beauharnais, che stabiliva quali piazzeforti dovessero accogliere uno Stato Maggiore di Piazza, collocò infatti Gradisca fra le piazze di quarta classe (con Osoppo), mentre classificò nella prima e seconda categoria Udine e Palmanova.
Conseguentemente nessun intervento significativo fu deciso per migliorare le strutture e vennero effettuati so!o restauri di poco conto nel castello, dove nel 1809 fu costruita una nuova caserma, e alla Porta di Gorizia, che fu rimessa in piedi poiché era stata distrutta già nel 1797. Non sorprende perciò che due anni dopo—nel 1810—un altro decreto del Beauharnais facesse decadere definilivamente Gradisca dal novero delle piazzeforti e stabilisse la cessione delle fortificazioni al Comune, al quale, da allora in avanti, sarebbero spettate le spese di restauro delle mura, dei ponti e delle fosse.
Il dominio francese su Gradisca durò fino al 1813, quando fu rioccupata dagli austriaci per effetto del crollo del Regno Italico. Con il nuovo assetto territoriale austriaco scaturito dalla Restaurazione, la città si trovò a far parte del Regno lllirico, con Gorizia e Cividale, mentre restava ancora una volta separata dal Friuli, che era stato incorporato nel regno Lombardo Veneto.